Quando durante la guerra di coalizione degli anni 1796/97 le truppe di Napoleone minacciarono la presenza austriaca in Italia anche gli abitanti di Villabassa, come tutti i tirolesi, furono fedeli all’imperatore di Vienna. Durante i combattimenti contro l’esercito francese il comandante degli Schützen di Villabasssa, Johann Jaeger, si distinse per il suo coraggio e venne insignito della medaglia d’argento al valor militare.

Nel 1809 durante la lotta di liberazione contro gli invasori francesi e bavaresi, gli abitanti di Villabassa combatterono a fianco di Andreas Hofer, che comandava le truppe di resistenza tirolesi. Nel luglio 1809 Andreas Hofer soggiornò brevemente a Villabassa ospite di Hansjörg Prey. Il maestro di Villabassa Michael Kramer dichiarò con orgoglio di essere stato il trombettiere di Josef Speckbacher, che guidò assieme ad Andreas Hofer l’insurrezione tirolese.

Il 5 gennaio 1810, dopo un attacco contro truppe francesi e bavaresi da parte dalla compagnia degli Schützen di Villabassa, il loro comandante Johann Jaeger venne fucilato dai francesi nelle vicinanze del paese. La compagnia degli Schützen di Villabassa è stata rifondata il 3 luglio 2005 quale 31a formazione della Val Pusteria e porta il nome del comandate ucciso. In essa continua a vivere l’antica tradizione tirolese degli Schützen di Villabassa.

I soldati bavaresi e francesi giunti in Pusteria dopo l’insurrezione popolare portarono anche malattie e miseria, che colpirono in particolar modo la popolazione civile. 119 abitanti di Villabassa morirono a causa della febbre putrida portata dai francesi negli anni 1796/97. Fu la più grave epidemia nella storia di Villabassa.