Wie alle Tiroler standen auch die Niederdorfer Schützen treu an der Seite ihres Kaisers in Wien, als Napoleon Bonaparte im ersten Koalitionskrieg 1796/97 in Italien die österreichischen Truppen in schwere Bedrängnis brachte. Damals zeichnete sich Johann Jäger als Schützenhauptmann aus Niederdorf im Kampf gegen das französische Revolutionsheer aus, was ihm die silberne Tapferkeitsmedaille eintrug.

Auch im Freiheitskampf der Tiroler gegen die bayerische und französische Besatzungsmacht im Jahre 1809 griffen die Niederdorfer zu den Waffen und schlossen sich Andreas Hofer an. Dieser soll das Dorf sogar besucht haben und in der „Kalerstube” eingekehrt sein. Der Niederdorfer Lehrer Michael Kramer bekannte sich immer mit Stolz dazu, dass er der Leibtrompeter von Josef Speckbacher war, der neben Andreas
Hofer zu den Führern des Tiroler Freiheitskampfes gehört hatte.

Der Angriff seiner Schützenkompanie auf bayerische Soldaten in Niederdorf am 30. November 1809 kostete dem Niederdorfer Schützenhauptmann Johann Jäger das Leben. Obwohl sich dieser nur widerwillig am Aufstand beteiligt hatte, ließ ihn der französische Divisionsgeneral Broussier am 5. Jänner 1810 oberhalb des Dorfes hinrichten.
Nach Jäger ist heute die Niederdorfer Schützenkompanie benannt, die am 3. Juli 2005 als 31. Formation im Pustertaler Schützenbezirk wiedergegründet wurde. In ihr lebt die alte Tradition des Niederdorfer Schützenwesens fort.

Mit Krankheiten brachten durchziehende Soldaten auch großes Elend über die Zivilbevölkerung im Dorf. So starben 119 Niederdorfer am Faulfieber, das Franzosen 1796/97 eingeschleppt hatten. Das war die schlimmste Seuche in der Geschichte des Ortes.