Niederdorf blieb im Zweiten Weltkrieg bis zum 22. Februar 1945 von Kampfhandlungen verschont. An diesem schwarzen Donnerstag aber war das Dorf um 14.55 Uhr das Ziel von sechs alliierten Bombern. Ihr Angriff galt einem Munitionszug auf dem Bahngelände. Dabei kamen 27 Personen, fünf Zivilisten (davon vier Frauen aus Niederdorf) und 22 deutsche Soldaten, ums Leben.

Zwei Monate danach traf am 28. April 1945 ein Transport mit 139 KZ-Häftlingen aus 17 Ländern Europas im Dorf ein. Die – zumeist prominenten – Gefangenen waren von der SS als Geiseln aus dem Konzentrationslager Dachau nach Südtirol verschleppt worden. In der „Alpenfestung“ sollten die Sippen- und Sonderhäftlinge dem Chef des Reichssicherheitshauptamtes, SS-Obergruppenführer Dr. Ernst Kaltenbrunner, als Faustpfand für Verhandlungen mit den Westalliierten zur Verfügung stehen.

Vergeblich bemühten sich die SS-Bewacher, die Häftlinge vom Dorf fernzuhalten. Doch die Ankunft der Fremden sprach sich in Niederdorf schnell herum. Als sich die Gefangenen zu Fuß in den Ort aufmachten, schlug ihnen eine Welle der Sympathie entgegen: Wo es nur möglich war, half die Bevölkerung den Erschöpften. Die Proteste der SS Wachmannschaften blieben ungehört. Die Häftlinge fanden Aufnahme in Hotels und bei Privatleuten, ein Großteil auch auf einem Strohlager im Rathaus. Pfarrer Josef Brugger nahm die Geistlichen aus dem Transport im Widum auf.

Am 30. April befreite die Deutsche Wehrmacht unter dem Kommando des Hauptmanns Wichard von Alvensleben die Geiseln aus der Gewalt der SS und brachte sie ins Hotel „Pragser Wildsee”, wo sie Emma Heiss-Hellenstainer, eine Enkelin der berühmten „Frau Emma”, mit offenen Armen aufnahm. Am 4. Mai trafen amerikanische Soldaten am Pragser Wildsee ein, übernahmen die befreiten Häftlinge und brachten sie nach Süditalien.

Im April 2005 kehrten sieben ehemalige SS-Geiseln für drei Tage nach Niederdorf und an den Pragser Wildsee zurück. Die Gemeinden Niederdorf und Prags sowie die Familie Heiss vom Hotel „Pragser Wildsee” hatten zu eindrucksvollen Gedenkfeiern eingeladen, die an das Geschehen vor 60 Jahren erinnerten.